ביטולו של סעיף 17 לפקודת החברות והתעצמותה של מגמת הליברליזציה בסוגיית חירות ההתאגדות, אין פירושם כי מימוש חירות זו חופשי ממגבלות ומתנאים הקבועים בחוק שבמסגרתו שואפים להתאגד ובדין הכללי. חירות ההתאגדות, ככל חירות חוקתית, אינה מוחלטת אלא מוגבלת. הזכות לרשום חברה מותנית ומוגבלת הן במישור המהותי והן במישור הפרוצדוראלי.

בהתאם למגמת הליברליזציה בסוגיית חירות ההתאגדות, צמצם חוק החברות את המגבלות שחלו על חירות ההתאגדות בהשוואה לפקודת החברות, ולמעשה הותאם למציאות הרווחת, בקבעו מגבלות בשלושה תחומים המשיקים זה לזה: חוקיות המטרות, עמידתן בתקנת הציבור ומוסריותן.

כמו כן מסמיך חוק החברות את רשם החברות לבדוק, כתנאי לרישום החברה, האם מסמכי החברה שמבקשים לרושמה עומדים במגבלות המהותיות ובתנאי הרישום הפרוצדוראליים ולסרב לרשום את החברה אם אין היא עומדת באחת המגבלות או באחד מהתנאים האמורים.

סמכותו של רשם החברות פוקעת באורח אוטומטי עם רישום החברה, אך עם זאת צפה גם חוק החברות מצב שבו נרשמה חברה בניגוד לתנאי החוק ולתקנות שהוצאו מכוחו, ברם במקרה כזה הסמכות לפעול נגד החברה אינה בידי רשם החברות אלא בידי בית-המשפט לבקשת היועץ המשפטי לממשלה.